Σε μια περίοδο κατά την οποία τα θέματα της προστασίας του περιβάλλοντος και της διαχείρισης των υδάτινων πόρων βρίσκονται στην πρώτη γραμμή της επικαιρότητας, η ΕΥΑΘ Α.Ε., αντιλαμβανόμενη την εταιρική κοινωνική της ευθύνη, δίνει καθημερινό αγώνα προς αυτήν την κατεύθυνση.

H εταιρεία λειτουργεί δύο εγκαταστάσεις επεξεργασίας λυμάτων:

• την Ε.Ε.Λ.Θ., η οποία βρίσκεται στη Σίνδο και δέχεται καθημερινά περί τις 150.000 - 160.000 m³/d λυμάτων, ενώ οι δυνατότητές της φτάνουν τις 296.000 m³/d
• και την Ε.Ε.Λ. ΑΙΝΕΙΑ, η οποία βρίσκεται στη Ν. Μηχανιώνα με δυναμικότητα επεξεργασίας 33.000 ισοδύναμο πληθυσμό το χειμώνα και 87.000 το καλοκαίρι. Καλύπτει μέσω αποχετευτικού δικτύου τις τουριστικές περιοχές της Θεσσαλονίκης και καθημερινά δέχεται περίπου 8.000 m3, εκ των οποίων τα  περίπου 1.500 m³ είναι βοθρολύματα.  

Η ΕΥΑΘ Α.Ε. μεριμνά ώστε τα επεξεργασμένα λύματα να διοχετεύονται στον ευαίσθητο αποδέκτη, το Θερμαϊκό, σύμφωνα με τους ισχύοντες περιβαλλοντικούς όρους. Η συλλογή των αστικών λυμάτων από το σύνολο (98%) της περιοχής δικαιοδοσίας της και η επεξεργασία τους σε βαθμό 92%-96% σε τιμές οργανικού φορτίου, 365 μέρες το χρόνο και 24 ώρες το 24ωρο, αποτελούν κυρίαρχο στόχο της εταιρείας. Τα καθαρισμένα απόβλητα διατίθενται κατόπιν στον κεντρικό κόλπο αποφορτίζοντας τον όρμο της Θεσσαλονίκης.

Παράλληλα, εφαρμόζεται σε ερευνητικό επίπεδο η επαναχρησιμοποίηση των επεξεργασμένων λυμάτων στην άρδευση κι ο εμπλουτισμός του υπόγειου υδροφόρου ορίζοντα με περαιτέρω επεξεργασμένα λύματα μετά τη βιολογική τους επεξεργασία.